In this first tutorial you will learn how to install Atomsk on your computer, and how to run it.

This tutorial explains how to generate 3-D or 2-D polycrystals, containing grains of random or specific positions and orientations.

The mode --polycrystal, as its name suggests, aims at creating a polycrystal.

In the following examples, a unit cell of aluminium will be used as a seed. Such a unit cell can be generated with:

atomsk --create fcc 4.046 Al aluminium.xsf

Quick Start

在未名超算，执行以下命令即可，其他超算平台类似。

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module add gcc/7.2.0  intel/2017.1  mpich/3.2.1-intel-2017.1	#添加模块

cd lammps/src           #切换到lammps/src目录下
make make lib-voronoi args="-b"                 #安装voronoi库。此时切到lib/voronoi目录下，会看到两个动态链接，如下图所示。

cd lammps/src                   #切换到lammps/src目录下
make ps                         #查看当前已经安装的包
make yes-VORONOI                #添加VORONOI包
make mpi                        #编译生成可执行文件lmp_mpi

Syntax

compute ID group-ID voronoi/atom keyword arg ...

• ID, group-ID are documented in compute command
• voronoi/atom = style name of this compute command
• zero or more keyword/value pairs may be appended

keyword = only_group or surface or radius or edge_histo or edge_threshold or face_threshold or neighbors or peratom

Hexo 中的数学公式是通过 MathJax 渲染 LaTeX 代码实现的，具体开启步骤以及简要语法介绍如下。

再次总结以备日后忘记时查阅。其主要内容翻译、综合自LAMMPS的用户手册。查阅手册最好的学习途径。

compute atom/molecule

将per atomvector以分子为单位求和，atom储存的质量和受力也可以以分子为单位求和起来 （on a per-molecule basis）。输入的是per-atom vector（可以由compute，fix和variable得到），输出的是一个全局向量或者全局二位矩阵，向量的长度或者矩阵的列数等于inputs的个数。

查看npm版本

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npm -v

新建页面

在文件夹\blog\source\_posts中进行git bash here执行以下命令生成新页面

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hexo n "name"    # name 文章名称