如何减小*.rxkf
文件的大小
如果我们不关心反应的动画过程显示,而只是关心中间过程、最终结果的产物、中间产物的分子个数,那么我们可以调整如下:
ADFinput > Details > KF results file:
将默认的50改大即可。这里的含义是每隔多少步保存一次原子的坐标,因此该数字越小,保存的次数就越密集,*.rxkf
文件就越大,这样是可以看到中间过程中,每个原子的移动情况的。如果我们不关心这些移动的详情,只关心反应过程中物质种类的变化情况,那么这个值可以设置的很大,比如1ps(步长为0.25fs的话,就是4000步,这里填写4000即可)保存一次。 下面的: Energy, temperature and more也可以随之调整为相同的数字。
如何读取分子动力学模拟中某一帧的结构到ADFinput中
ReaxFF分子动力学模拟的动画,报错在*.rxkf
文件中,在ADFinput(或者ADFjobs中,选中该任务)点击SCM LOGO
> Movie
则从该文件读取动画。在任何一帧,点击左下角的暂停按钮,然后点击File
> Update Geometry in Input
,即可将该帧更新到ADFinput里面。
如果是能量最小化,则不会保存中间的结果,在能量最小化完成之后,界面会自动提醒,是不是要更新到最新的结构,选择Yes
即可将优化好的结构更新到ADFinput中。